有时候出现骨囊肿时并没有太多特殊症状。只会有在发生病理性骨折时，会发现骨囊肿的存在，所以在有很多情况下，出现的骨质上面的病症也会和骨囊肿有相似情况，这时候就需要区别诊断。
1、骨巨细胞瘤经常会发生在骨筋端较为突出的一侧，呈现出均匀性的骨破坏或者是肥皂泡沫样的阴影。这种情况多会发生在成年人身上。
2、单发性的内生软骨瘤，通过x线检查可以查看到肿瘤内中有很多的斑点以及钙化的阴影。这种软骨瘤通常会和骨囊肿有所区别，它们所呈现的情况有所不同。
3、单发性的纤维异常增殖症。这种情况会发生在儿童中年以及男女相近，病理部位通常会在胆骨，股骨，肋骨中较为常见，在位于干骺端或者是骨干的位置，局部会出现轻微的肿胀和疼痛感，病变的我会会出现变形，通常会有病理性的骨折。
4、用x线检查骨质会发现有局限的破坏，并且呈现了磨砂玻璃样。骨质会有稍微的膨胀，病理表现出的症状多为硬韧，灰白色，切开时会有砂粒样的物质。
