滴虫性前列腺炎临床症状多种多样，主要表现类似于慢性前列腺炎，如排尿终末时疼痛、会阴部钝痛、直肠坠胀等。急性发作时，还可出现尿频、尿急、尿痛等尿路刺激症状甚至发热等。
在男性生殖系统滴虫感染中，前列腺的滴虫感染发生率占25％~70％。前列腺滴虫的检出一般比较困难，即使在门诊采集新鲜的尿液或前列腺液标本进行显微镜下检查，也常常需要检查多次才能发现滴虫。前列腺按摩取液时常给患者带来程度不等的疼痛与不适，因此也难以反复进行。
所以，当男性发现自己既有前列腺炎临床症状，抗生素治疗效果又不佳时，询问其性伴侣有无阴道滴虫病史对该病的诊治很有帮助。因为，男性的滴虫几乎全部来自配偶的传染，而妇女进行阴道滴虫检查既方便又准确。
