慢性结肠炎包括一大类疾病，根据疾病的不同，治疗也是不同的。如果是肠功能紊乱，也就是肠易激综合征的患者，主要表现为腹痛，伴有大便习惯的改变，部分患者可以表现为腹痛、腹泻，主要是对症治疗。腹痛时可以用解痉药，比如匹维溴铵。腹泻严重时，可以给轻度的止泻药，如蒙脱石散，加用肠道的微生态制剂也是有助于疾病缓解的。
除了功能性的疾病，器质性的疾病如溃疡性结肠炎，治疗就完全不同了。溃疡性结肠炎的治疗包括急性期的诱导缓解，以及缓解期的维持治疗。急性期的诱导缓解可以用美沙拉嗪、糖皮质激素，甚至是生物制剂来诱导缓解。维持期用的是美沙拉嗪，重症的患者甚至需要生物制剂来维持治疗。溃疡性结肠炎的治疗就是长期的治疗，初发病例需要3-5年，反复发作的病例需要终身治疗。
