1.掩盖病情。如果在医生诊断和治疗前滥用止痛药，虽然暂时的疼痛可以缓解，但可能会掩盖疾病的独特症状，给医生的诊断带来困难，延误病情。
2.容易上瘾。一些止痛药，特别是高效止痛药，长期上瘾，即对该药物的依赖。特别要注意以曲马多为代表的中枢性止痛药，以二类精神药物上市，临床应用广泛，认为非常安全。然而，近年来，临床研究证明，不合理使用也会上瘾。因此，在使用时应注意。
3.引起过敏反应。许多止痛药可引起哮喘、荨麻疹、过敏性鼻炎等，特殊体质可引起血管神经水肿等过敏反应。
4.损害造血系统。长期或过量服用一些止痛药会损害造血系统和白细胞，导致粒细胞减少、再生障碍性贫血、凝血障碍等疾病。
5.胃粘膜损伤。长期或大量服用止痛药，特别是空腹使用后，可出现上腹部不适、恶心、呕吐、饱胀、食欲不振等消化不良症状。严重的可导致胃粘膜损伤和胃出血。数据显示，约10%~25%的长期口服非甾体抗炎药患者患有消化性溃疡，其中不到1%的患者患有出血或穿孔等严重并发症。
6.引起中毒性肝炎。在治疗剂量下，10%的患者会有轻微的肝损伤。长期或大量服用扑热息痛会影响肝功能，引起中毒性肝炎。
7致肾功能不全和间质性肾炎。长期或大量服用含有非那西丁的解热止痛剂会导致肾乳头坏死和肾间质炎性改变性肾病。近年来，国内外关于服用止痛药引起肾毒性作用的报道很多，主要是因为止痛药抑制前列腺素合成，导致肾功能不全和间质性肾炎。目前止痛药引起的肾功能不全占药物引起的肾功能不全的37%，服药3个月后可引起，其中消炎痛制剂引起的肾损伤占多数。
8.诱发肿瘤。长期服用一些止痛药可诱发肾乳头癌、肾盂癌、膀胱癌等。
9.神经系统不良反应:头痛、头晕、耳鸣、耳聋、弱视、嗜睡、失眠、感觉异常、麻木等。有些症状不常见，如多动、兴奋、幻觉、震颤等，发病率一般小于5%。
10.诱发心血管疾病。研究发现，非甾体抗炎止痛药能明显干扰血压，增加平均动脉压。还有报道称，服用罗非昔布18个月后，患者心血管事件(如心脏病发作风)的风险增加。
11.怀孕期间的不良反应。非甾体抗炎止痛药被认为是诱发妊娠期急性脂肪肝的潜在因素；怀孕期间服用阿司匹林可导致产前、产后和分娩时出血；消炎痛可引起胎儿短肢畸形和阴茎发育不全。
12.损害听力。长期服用止痛药会导致听力下降。
