打完脑部疫苗发烧到39度，应该在医生建议下吃退烧药。人体的正常温度在36度到37度左右，超过38.5度的话会出现高烧症状，所以可以用酒精擦拭身体或者冷却额头来降低温度。服用退烧药后，如果有明显的温度下降倾向，可以先观察，平时多喝水。但如果物理降温的方法没有用，就需要及时去医院检查，否则很容易造成大脑神经的损伤。
发烧后的治疗
1、多喝热水。发烧后可以先吃退烧药，其次要多喝热水，不要接触冷水。否则，冷水刺激肠胃，加重病情。另外，多喝热水也能加强身体的新陈代谢功能，有助于病情的恢复。
2、注射药物。使用退烧药也没有效果的情况下，必须立即向医院注射抗生素进行治疗。身体内部发炎的情况下，容易出现发烧迹象，不易退烧，治疗后也要检查身体内部。
脑疫苗的作用
脑疫苗注射者主要对儿童，儿童免疫力差，外部细菌入侵容易成为宿主。因此，注射流脑疫苗有效预防脑膜炎的出现，保持儿童脑功能的正常。
