肉痣形成原因，与具体的类型有关。色素痣是由先天性遗传因素引起的，扁平疣和寻常疣与人乳头瘤病毒感染有关，皮赘则是肥胖或糖尿病等原因引起皮肤代谢增殖所致。
色素痣是比较常见的肉痣，它的形成原因主要是先天性遗传。色素痣是来源于黑色素细胞的良性增生，在胚胎发育过程中所形成的色素细胞可能会具体到某一个部位，并在这个部位形成团痣细胞，有较为明显的遗传特征。
如果肉痣是扁平疣或者寻常疣，考虑是病毒感染造成的，主要是人乳头瘤病毒感染。这种病毒可通过皮肤的破损处侵入，感染皮肤表皮细胞，使表皮出现凸出的疣体，用手触摸会有轻微的痒感，也可能无任何自觉症状。
如果肉痣是皮赘，考虑与肥胖、糖尿病等原因有关。出现这些情况后，皮肤的代谢功能会发生异常，一旦发生代谢增殖，则会引起局部增生，形成皮赘，不过这些皮赘多半不会自主扩大。
