吃益生菌的禁忌是不可与抗生素同时服用，此外，不可用过热的水送服。
益生菌属于微生物，因此不可以与具有杀菌作用的抗生素同时服用，否则益生菌会被抗生素杀灭。在服用完抗生素后即刻补充益生菌，是根本起不到作用的。如果一定要服用抗生素，应相隔2小时以上再服用益生菌。
益生菌作为一种活菌，在人体内存活，其最适生长温度与人的肠道温度相近，约为37℃。因此，服用益生菌的水温不可超过40℃，否则益生菌将会被热水消灭，从而失去效果。同时，益生菌应保存在阴凉干燥的地方，有些甚至需要冷藏。
