由于人用狂犬疫苗是灭活的，只有病毒的蛋白质外壳，没有其遗传物质，病毒进入体内后不会自我复制。打疫苗的不良反应就是异种蛋白质进入血液的反应，相当于一堆感冒病毒进入人体，但是这些感冒病毒不会自我复制，比如进入了N个，那么就是这N个，不会变多。那么狂犬疫苗的副作用是什么呢?
通常情况下，不良反应为低烧，之所以发生这种反应，是因为人体以为病毒进入了，激活了自己的免疫反应，抵抗病毒入侵，因此会发热。由于狂犬疫苗中的病毒不会自我复制，因此很快就被人体的巨噬细胞吞噬后排出体外，并促使人体产生抗体，以便在下次出现相同的蛋白质外壳即真正的狂犬病毒时，能够迅速中和掉这些蛋白质。也由于疫苗中的病毒不自我复制，所以只会低烧，不会高烧。
少数人接种狂犬病疫苗后可出现预防接种反应，可能伴有头痛、眩晕、恶寒、乏力和周身不适等，一般持续1-2天。个别受种者可发生恶心、呕吐、腹泻等胃肠道症状，一般以接种当天多见，很少有持续2-3天者。
这些反应是由疫苗本身所固有的特性引起的，对机体只会造成一过性生理功能障碍的反应，发生轻度全身反应时加强观察，一般不需任何处理，也不会产生终身的影响。必要时适当休息，多喝开水，注意保暖，防止继发其它疾病。全身反应严重者，例如高热不退或伴有其它并发症等，应密切观察病情，必要去医院治疗。
个别的狗或者其它动物注射狂犬疫苗后有可能发生局部痉挛或者某部位的神经系统受损，这是因为动物抵抗地较人强，所以为了激活动物的免疫反应，将兽用狂犬疫苗制作成减活的疫苗，其有一定的毒性，所以当动物接种疫苗后若其抵抗力差，就可能被疫苗伤害。人是不会出现此类情况，除非用的是假疫苗，或用犬用疫苗当人用疫苗注射，那就很危险，因为那些疫苗是减活的，毒性较强，可能会损坏人体神经系统。在正规的接种机构注射人用疫苗，是不会有任何危险的。
