在小儿麻痹症的早期，患儿易发生肌肉萎缩及肢体瘫痪，但此时瘫痪的肢体并没有出现畸形。随着病程的延长，肢体畸形也随之出现。小儿麻痹症可引起残疾主要由于以下几个原因。
首先，由于支配肢体的部分肌肉瘫痪，从而造成不同肌肉之间的力量不平衡所引起。例如支配足外翻的肌肉瘫痪，而支配足内翻的肌肉未瘫痪，就容易造成足两边的力量不平衡，内侧有力，外侧无力，因此而产生足内翻。
其次，患肢关节周围的软组织挛缩，造成畸形。例如患肢膝关节后面的软组织挛缩，久之会造成膝关节屈曲伸不直的畸形。
第三，不正常的行走等负重活动，会加重畸形。例如上述肌肉不平衡或软组织挛缩的畸形，在早期没能得到有效纠正，一直在不正常姿势下行走或其他活动，进而导致畸形加重。
第四，肢体的废用不活动也是畸形的一大重要原因。发病后患儿往往因为肢体瘫痪而不活动，从而造成患肢的骨骼、肌肉及其它软组织的发育迟缓，甚至退化，而出现患肢短小、细瘦、关节松弛，甚至发生脱位。
