扁桃体肥大有生理性和病理性之分，一般生理性扁桃体肥大会自行萎缩。病理性扁桃体肥大有自己萎缩的可能，但反复发炎时很难自行萎缩。
即使没有发炎感染，扁桃体会随着年龄增长出现生理性扁桃体肥大，一般在4-10岁时扁桃体逐渐增大，到11-13岁左右肥大的扁桃体又会逐渐萎缩。只要扁桃体没有反复发炎，也无明显不适症状，等待扁桃体自行萎缩即可。
如出现扁桃体炎引起病理性扁桃体肥大，但只有一次炎性感染，以后不再有扁桃体发炎的情况，随着年龄增长，扁桃体也会自行萎缩，许多人40岁左右扁桃体会完全消失。
但如扁桃体反复发炎，导致扁桃体肥大后一般很难自行萎缩，需及时治疗。如扁桃体过大出现呼吸困难、吞咽困难等问题时，避免盲目等待扁桃体自行萎缩，需及时手术切除。
