脑垂体核磁共振可以检查垂体的结构是否存在异常，诊断内分泌疾病；进行手术治疗时，通过这项检查可以明确蝶窦形态的相关情况，判断能否做手术。
脑垂体是人体最为重要的内分泌器官之一，如果垂体的形态结构出现问题，或者患上垂体肿瘤，会造成激素分泌异常。如果分泌量过多，很容易诱发巨人症、泌乳症、柯兴综合征等疾病；若是垂体引起激素分泌不足，等会造成垂体性侏儒症、尿崩症、性功能障碍等疾病。脑垂体核磁共振检查能够及时发现和诊断上述疾病，从而达到尽早治疗的目的，避免病情持续发展。
如果需要在垂体部位进行手术治疗，通过垂体核磁共振检查可以明确蝶窦形态，也可以明确周围神经和血管侵袭的关系，据此来判断是否能采取手术疗法。如果脑垂体异常合并脑组织其他病变，比如脑梗死、脑出血等，也可以进行脑垂体核磁共振检查。
