对于生殖器疱疹的治疗方法还不能彻底清除病毒，阻止疾病的复发。目前治疗分一般性治疗、抗病毒治疗及中医中药治疗，这些治疗都是必要的。一般性治疗事实上是对症治疗，而抗病毒治疗是对因治疗，中医中药治疗多通过辨证施治，标本兼治，有效地阻止复发。
①无环鸟苷：被认为是目前最有效的抗HSV药物。病情严重者可静脉给药，剂量为每公斤体重5mg，每8小时1次，共5～7天。一般病人可口服，每次200mg，每日4～5次，共7～10天。
②三氮唑核苷：是一种鸟嘌呤核苷的类似物，有抗DNA和RNA病毒的作用，每天服800mg，共10天，能减轻疼痛和缩短病程。
③免疫刺激剂：口服左旋咪唑有一定的疗效，但有报告效果不太肯定，体外发现干扰素对HSV有抑制作用，临床治疗作用尚在研究中。
生殖器疱疹的护理也可以有效阻止复发，首先要预防它的感染，特别是夏天，气温高，出汗多，加上局部的搔抓，很容易出现局部的感染，每天用清水清洗生殖器部位是必要的。当出现局部的感染后，要及时用消毒水清洗局部。常用3%硼酸水200mL外洗患部，也可用黄连素1片研末加入200mL沸开水中，待凉后清洗患部。其次，避免局部的搔抓，不可用刺激性太强的药品。患病后需注意预防感冒、着凉、劳累，以减少复发。治疗期间禁房事等。
