歪嘴哭综合症最佳治疗时间需要根据个人病情发展状况来定。若病情严重，且发展速度快，需在第一时间接受医治，对病症轻微者可在三岁以后选择合适时间接受手术。
新生儿被诊断为歪嘴哭综合症之后，要及时查看先天畸形情况的发生，尤其是心脏方面。若有大动脉转位或法洛四联症等复杂型心脏疾病，说明病情一般比较严重，且先天畸形症状会发展较为迅速。患儿需尽快接受外科手术矫正，以便能最大限度提高生存率及生活质量。
若检查发现歪嘴哭综合症患儿只是伴随有房间隔缺损等简单的先天性心脏病，伴有眼耳等面部畸形，病情发展较慢，就可以在稍大以后做心脏矫正术及颌面部手术矫形，一般以三岁为宜，部分患儿可在五岁内做外科手术。不过在未进行手术医治之前需要时刻关注患儿病症变化，做好病情日常护理工作，定期到儿科医院接受检查，必要时住院接受观察治疗。
