肾结石在排除时一般都会疼，主要是因为结石刺激输尿管，引起输尿管痉挛造成的，也不排除是尿道黏膜被结石划伤所致。
肾结石在排出的过程中通常都会产生疼痛感，不过疼痛的程度有轻有重，如果疼痛严重，伴随恶心以及呕吐等消化道症状。肾结石排出的时候需要经过输尿管、膀胱以及尿道，当肾结石进入输尿管当中后会引起输尿管梗阻，梗阻近端的输尿管会发生强烈收缩，促进尿液和结石排出，这个过程中容易产生剧烈的绞痛，疼痛感会放射至会阴部以及外生殖器，同时还会合并肾积水，造成患侧腰部胀痛。
如果结石的体积比较大或者有尖锐的棱角，在经过尿道排出时可能会划伤尿道粘膜，从而出现排尿时尿道疼痛的现象，这种疼痛感会放射至尿道口。损伤的尿道黏膜会有少量的出血，所以排出的尿液中可能会有少量的红细胞。
