甲亢性眼病治疗的目的是纠正甲状腺功能及垂体-甲状腺轴功能的异常，以改善和保护视力，减轻疼痛等不适，从而改善容颜。
(1)局部治疗：症状相对轻的眼病患者，只需通过局部处理即可获得满意效果。如眼球干燥、沙粒感，可给予人造眼泪，用0.5%的甲基纤维素。减轻眼睑挛缩及凝视症状，可用3％～10％的胍乙啶；或在睡眠时用人造软膏及外科黏性胶带，有助于睡眠时眼睑闭合。如眼部不适主要由于角膜暴露、眼睑挛缩、眼球突出所引起，暂时或长久的眼睑缝合有助于改善症状。轻度的眶周水肿可用利尿剂，并在睡眠时将床头抬高。总之，实施有效的局部治疗可以缓解症状，降低严重角膜，损害的危险。
(2)免疫抑制剂。
①糖皮质激素：一般认为对于严重的炎症，短程大剂量可的松治疗是有益的，它可改善细胞中介的免疫反应，减少球后成纤维细胞葡糖胺聚糖的产生。②其他免疫抑制剂：可使用环孢素A和硫唑嘌呤，一般认为这些药也仅可改善眼部不适及充血症状，对眼外肌功能恢复及突眼效果不明显。也有人将激素和环孢素A合用，认为可减少激素用量，使患者容易接受。
(3)眼部放疗：眼部放疗最近较为推崇，特别是直线加速器的使用，使放疗的效果有很大改善。
