儿童注射疫苗三天后咳嗽一般与疫苗无关，可能是着凉感冒、流感或支气管炎等疾病所致，要根据具体病因采取处理措施。
儿童注射疫苗后身体抵抗力相对较差，不注意保暖容易着凉感冒，呼吸道存在炎症，引起黏膜充血、水肿，导致咳嗽。舌苔发白、舌质淡，考虑是风寒感冒引起的咳嗽，建议服用杏苏止咳颗粒或小青龙颗粒；若舌苔发黄、舌质发红，多半是风热感冒引起，可服用小儿清肺化痰口服液或小儿肺热咳喘口服液。
如正处于流感高发期，接种疫苗时可能会与流感患者接触，孩子因此患上流感。建议在发病早期服用奥司他韦等抗病毒药物进行治疗，在感染后的48小时内用药效果较好，但要保证足量和足疗程使用。如咳嗽症状严重，还需口服止咳化痰类药物，如肺力咳合剂等。
儿童注射疫苗三天后受到病原体感染，可能会引发支气管炎，气道内有炎性分泌物，造成反射性咳嗽。需应用广谱抗生素进行治疗，若为支原体感染所致，则需选择大环内酯类抗生素。
