由于对肾盂肾炎的治疗方法不当或者某种原因，慢性肾盂肾炎反复发作，致病菌难以清除，因此炎症难控制，受损的肾组织不易修复。所以肾盂肾炎的治疗关键就在于灭菌。
受损肾组织在恢复之前，亦是引起反复感染的一个重要因素。慢性肾盂肾炎的治疗关键为尽快消灭致病菌，促使受损肾组织尽早恢复。同时积极寻找易感因素，并却除之，是肾盂肾炎的治疗有效的前提。如手术治疗肥大的前列腺，使尿路梗阻得以解除，就可以较有效的治疗肾盂肾炎。
慢性肾盂肾炎的治疗原则为：
(1)抗生素的选择 定期作尿细菌培养和菌落计数，并参考药物敏感试验的结果来选用最敏感的抗生素。由于致病菌较为顽固，以2—3种抗生素联合应用为佳。
(2)疗程 疗程是慢性肾盂肾炎的治疗成败的关键，不能足疗程用药，即使原治疗有效，往往不能彻底清除细菌，同时培养了耐药菌，使致病菌得到喘息，一旦条件适宜，即可复发，病情迁延。
慢性肾盂肾炎的治疗关键我们已经知道了，我们在慢性肾盂肾炎的治疗过程中一定要牢记这一点，才能有效的控制病情，不再复发。
