患者在做完食管癌手术后可能会导致胃肠功能紊乱，所以会出现严重腹泻的症状，除此之外，部分患者在手术后可能会患上反流性食管炎、呼吸道感染、呼吸性胃排空障碍、吻合口狭窄、脓胸等并发症。
做完该项手术后会导致胃肠功能紊乱，从而出现严重腹泻的症状，会出现这种情况，可能是切断了迷走神经或胃泌素浓度过高所造成的。
食管癌手术后可能会出现反流性食管炎，这是最常见的并发症之一，主要表现为患者在进食后身体前屈或夜间卧床睡觉时有酸性的液体和食物，从胃食管反流到咽部或口腔。部分患者还会伴有胸骨后灼烧感、疼痛感、咽下困难等症状表现。
食管癌手术虽然没有切除肺组织，但是因为破坏了胸廓的完整性，损害了肋间肌，尤其是损害了膈肌的完整性，这会使患者肺的通气泵受到严重损伤，所以很容易出现呼吸道感染的情况。如果颈部、胸部和上腹部切口疼痛，或胃已拉入胸内导致肺受压缩时，患者则会在术后出现不同程度的呼吸困难。
部分患者在手术切除过程中，还需要切除胃壁或胃的一部分，该部分可能和食道、胃相连。这会在功能上产生相互的影响。食管癌切除手术后，很容易出现胃运动失常，这会引起胸胃功能排空障碍，导致大量胃内容物潴留。
吻合口狭窄是很常见的食管癌术后并发症，一般在手术后2~3周内发生，也可能会推迟到2~3个月才出现。主要症状表现为患者会有不同程度的吞咽困难，吻合口狭窄和吻合方式、感染、口瘘有直接关系，患者确诊后可以进行电化学介入治疗，然后安放食管支架。
正常情况下，食管内会有细菌存在，而该项手术属于污染手术，术后可能会出现脓胸的情况。
