事后避孕药由于是作为事后补救用药，主要原理是采用大剂量的药物来干扰卵巢的功能，抑制排卵，改变子宫内膜环境、改变宫颈粘液的性状、阻止精子穿透、抗着床等机制而达到避孕的目的，相对来说其副作用是蛮高的。
副作用主要表现为：
1、恶心：服用紧急避孕药后，恶心的症状一般持续不超过24小时。
2、呕吐：与食物同时服用或睡觉前服药可以减少恶心、呕吐的发生率。如果在口服紧急避孕药后1小时内呕吐，应该尽快补服1次。
3、不规则子宫出血：有些女性用药后会有点滴出血，一般无须处理，但要让用药者了解此种情况，做好用药前后的咨询、宣教。
4、月经改变：多数妇女月经会按时来潮，也有一部分妇女月经提前或延迟。如果月经延迟一周，应该做尿妊娠试验，以明确是否是紧急避孕失败。
5、排卵期改变：服用紧急避孕药，会影响月经周期，女性在此之后尽量使用效率高的避孕方法，而不要再冒险使用紧急避孕药或安全期、体外射精等不科学的避孕方法，严重的会导致不育。
6、其他：乳房胀痛、头痛、头晕、乏力等，这些症状一般较轻微，持续时间不超过24小时。乳房胀痛、头痛严重者可用阿斯匹林或其他止痛药对症处理。
