精子畸形率高可能是有两种情况。如果形态异常的精子超过70％，特别是妻子有习惯性流产时，就应该考虑进行染色体核型检查，男方很可能具有染色体异常，需要通过检查排除这种可能性。如果异常精子少于70％，那么，也许是精索静脉曲张、职业或环境接触毒物、放射线、微波、服用药物、感染及应激等因素影响了睾丸生精过程。无论是哪种情况，都应该去检查并且分析原因，排除可能性，及时治疗。
而引起畸形精子症的原因主要是： 泌尿生殖道感染、腮腺炎并发的睾丸炎、附睾结核、精索静脉曲张等； 使用激素或某些化学药物，如抗癌药、利血平、马利兰、呋喃类等，可使精子发育不成熟；生殖腺受到放射线照射，可引起精子的突变； 因为穿着的裤子、内裤导致阴囊局部长期高热，长期酗酒（特别是高浓度的烈性酒），均可使精子发生畸变。
