溃疡性结肠炎肠粘膜的炎症变化与许多感染性腹泻者类似，但在某些病例的粪便中也可以培养细菌，如链球菌等，有些病例使用抗菌药物治疗也有效，因此感染是本病的原因，但在本病患者中没有检测出同样的细菌、病毒和真菌，多年来反复研究，直接找不到感染微生物的根据，可能的病原体如多种细菌、病毒、真菌等实验性移植也没有成功
溃疡性结肠炎的病理变化和临床表现与细菌性痢疾非常相似。在被诊断为溃疡性结肠炎的病例中，痢疾的历史者很多，在大量慢性痢疾的病例跟踪中，确实发现了一部分痢疾患者进化为本病。
从感染因素转变为非特异性的发病，这个过程还不清楚。有人建议与自己的免疫因素有关，也有人认为疾病是由痢疾杆菌和溶解组织阿米巴引起的，慢性病程可能是由一般不生病的肠内细菌引起的。
