皮肤癣菌病传统上以解剖部位命名，如体癣手足癣等。这种分类有利于根据解剖部位的皮肤特征使用不同的药物。皮肤癣菌病也根据病原菌命名，如银屑病、重叠银屑病、红色银屑病菌病等。
皮肤癣菌侵入头发引起头癣。表现为环状脱发斑，有鳞屑、水泡、脓疱。有时分散的脱发斑可能是唯一的症状。偶尔被称为大隆起的化脓性损伤。头发感染后枯黄或折断。根据头发感染的位置，可以分为内部感染和外部感染。发内型感染在发内形成孢子，可以在发内或链状排列，也称为白癣。如果是银屑病，发内会形成菌丝。羊毛状孢子菌等在头发外形成大量孢子，排列成镶嵌状或链状，称为头发感染，也称为白癣。发型感染可以在毛发内，特别是根部发现菌丝。
皮肤癣菌侵犯角质层，引起体癣和手足癣等。在皮屑中表现为分枝分隔的菌丝，可断裂成链状孢子。皮损一般呈圆形或多环形，单个散在或互相融合。组织反应可从红斑、鳞屑到结痂、化脓甚至肉芽肿。主观无感觉或有不同程度瘙痒。
真菌暗柱头孢菌素及其变异柱头孢菌素可引起人类掌跖和甲板感染。由于其临床表现和直接镜检和手足癣和灰指甲无法识别，因此在取得标本培养时，其中一个不得加入放线菌酮，以免抑制柱顶孢菌素的生长。皮肤癣菌累及甲板称甲癣。通常表现为甲板增厚、变色及破损。甲周组织一般没有炎症或疼痛。
皮肤癣菌在较少见的情况下会引起深部组织感染。表现为蜂窝织炎、毛囊炎、脓癣、皮下组织脓肿、淋巴结脓肿、Majochii肉芽肿、足菌肿、疣状增生等。杨国亮曾报道铁锈色孢子菌引起的深部感染有2例。患者头发稀疏。全身见大片鳞屑性损害和皮肤肉芽肿样损害。后者以结节为主，分布广泛。有些穿孔化脓。
