口疮的原因不是细菌和病毒感染，而是刺激或咬伤口腔粘膜，如牙刷不当或吃刺和优质食物。龋齿或牙齿和残根刺激嘴唇或舌头的粘膜，以及消化不良、便秘或肠道蛔虫；睡眠不足、突然改变生活规律、精神刺激等因素也是口疮的原因。
此外，女性在月经早期也会诱发口疮。
抗生素不能用于治疗上述导致口疮的原因。
窄谱抗生素治疗不仅达不到治疗目的，还会破坏正常肠道菌群"二重感染"，加重病情。因此，用抗生素治疗长口疮是有害的。
