如果婴儿精神好、食欲好，体重增长正常，属于正常情况，保守治疗即可，在饮食方面，可用豆浆和葡萄糖代乳替代治疗，但当症状严重时，可给与药物干预，吲哚美辛与微生态制剂、蒙脱石散均有一定的疗效，患儿的治疗周期一般在1~2个月左右。
一、保守治疗
一般比较轻的生理性腹泻无需治疗，可以继续哺乳。长此以往，婴儿机体会逐渐适应母乳中的前列腺素，乳糖酶亦会逐渐发育成熟，酶的活性增加，逐步能够分解、消化和吸收乳糖，并随着增加辅食逐渐好转，适用于症状较严重的患者。
二、药物治疗
1、吲哚美辛：可抑制母亲体内前列腺素(pG)的合成而降低母乳中前列腺素的含量，适用于腹泻症状严重，暂停母乳喂养或营养治疗无效的患儿，会产生胃肠道反应、头晕头痛、皮疹等副作用，由于此药可自乳汁排出，所以哺乳期妇女使用时一定要谨遵医嘱，不可自行服药。
2、微生态制剂：也叫活菌制剂或生菌剂，利用对宿主有益无害的益生菌或益生菌的促生长物质，经特殊工艺制成的制剂，可快速构建肠道微生态平衡，有效缓解患儿腹泻、腹胀的症状，同时不会产生明显的毒副作用，应用广泛。
3、蒙脱石散：适用于患者腹泻症状严重时，安全性良好，哺乳期妇女以及婴幼儿均可安全服用，且本品不良反应少见，过量服用时可引起便秘，大便干结。
三、手术治疗
本病无需手术治疗。
四、营养治疗
1、合理地添加辅食如小米汤或豆浆加葡萄糖代乳，可以缓解婴儿腹泻和养脾胃，有效缓解腹泻症状。但需注意豆浆喂养不宜长期单独应用，宜逐步加鱼蛋白。
2、母亲注重饮食，多吃清淡饮食，少吃油腻甜口食物，多吃水果蔬菜，注意营养均衡。
