另一种是明确疾病引起的痛经，称为继发性痛经。痛经发生的时间是在正常行时间(多为3年)后开始发生的。生殖器发炎、子宫肌瘤、子宫内膜异位等生殖器发病均可引起二次痛经。
病理因素缠绕痛经，引起痛经。
2、子宫发育不良:子宫发育不良容易合并血液供给异常，子宫缺血、缺氧引起痛经。
3、子宫位置异常:女性子宫位置极度向后弯曲或向前弯曲，会影响经血流畅和痛经。
4、精神、神经因素:有些女性对疼痛过于敏感。
5、遗传因素:女儿痛经与母亲痛经有关。
6、内分泌因素:经期腹痛与黄体期孕酮的上升有关。
7、子宫内膜、月经血中前列腺素(PG)含量上升:前列腺素E2(PGE2)有助于子宫肌纤维收缩引起痛经。患者子宫内膜组织中前列腺素含量正常的女性明显上升。
8、子宫过度收缩:痛经患者的子宫收缩压力与普通女性基本相同(普通人的压力约为4.9Kpa)，但子宫收缩持续时间长，不易完全放松，因此子宫过度收缩引起的痛经发生。
9、子宫异常收缩:痛经患者子宫异常收缩，子宫光滑肌缺血，子宫肌缺血引起子宫肌抽搐性收缩，疼痛引起痛经。
10、妇科疾病:子宫内膜异位症、骨盘炎、子宫腺肌病、子宫肌瘤等。在子宫内放置节育器(通称节育环)也容易引起生理痛。
