沙眼衣原体是非淋菌性尿道炎与非淋菌性宫颈炎的主要致病菌，近年来沙眼衣原体感染引起的这二种疾病发生率显著上升，尤其在性活跃的青年妇女中发病率更高。长期持续感染还可以引起慢性盆腔炎，甚至扩展至上腹部引起急腹症。生殖道沙眼原体感染治疗不彻底，可以暂时没有任何症状，但沙眼原体可以隐藏在宫颈管粘膜褶皱内，宫颈管存在沙眼原体的女性怀孕后，在怀孕和分娩过程中可以发生以下危险。
流产宫颈管沙眼衣原体阳性组流产率明显高于阴性组，这与沙眼衣原体感染对胚胎的损害及存在子宫内膜炎症有关。
早产、胎膜早破是沙眼衣原体感染促进子宫收缩的前列腺素活化，上升感染引起的绒毛炎羊膜炎使胎膜变弱。
低体重儿这与沙眼衣原体上行感染引起胎儿宫内感染或胎盘功能受损有关。
由于衣原体性新生儿结膜炎系生产道感染沙眼原体，最初发生在出生后第5天，多发生在5-10天。
衣原体性新生儿肺炎多于产后30天以后发生。儿科医生对生育状况不了解，最初没有选择合理的药物治疗，治疗延误，病程延误。
对于性活跃、多个性伙伴或沙眼衣原体感染和高度可疑的沙眼衣原体感染的孕妇，为了预防妊娠过程的危险发生，妊娠初期应开始病原体检查，为了防止产道感染，孕妇应在分娩前36周进行衣原体抗体检查，阳性者应进行抗原检查。对抗原阳性者在分娩前两周进行药物治疗。
